真新镇的精灵少年年满10岁之后，就可以得到训练神奇宝贝的精灵资格。10岁的精灵少年小智（松本梨香 配音）以成为最厉害的神奇宝贝训练大师为目标，即将踏上了修行之旅。精灵小智因为早上赖床迟到，精灵险些失去挑选神奇宝贝的精灵资格，无奈下他领走了一只被挑剩下的精灵神奇宝贝——皮卡丘（大谷育江 配音）。皮卡丘又名电气鼠，精灵虽然长相可爱，精灵但性格含羞内向却又不亲近人类，精灵稍有不满就乱放电电人，精灵暴躁的精灵脾气让小智吃尽了苦头。大木博士把神奇宝贝图和宝贝球作为践行礼物送给了小智。精灵在小智和皮卡丘的精灵前方，神奇宝贝的精灵世界有许多谜题和探险在等着他们，迎接他们的到底是光明还是黑暗，小智能否如愿成为神奇宝贝大师呢？